По сравнению с наземными животными, водные животные живут во «враждебной» среде с высокой бактериальной нагрузкой (Verschuere et al. 2000). Как правило, 106 бактерий и 108 вирусов обнаруживаются в 1 мл морской воды, но плотность обычно значительно выше в средах с более высоким поступлением органических веществ (например, в системах аквакультуры). Ситуация усугубляется тем, что рыба, корм и продукты выделения находятся в одной матрице - в воде для выращивания. Следовательно, эта среда способствует размножению микроорганизмов (полезных, нейтральных или патогенных). Источники бактерий можно разделить на две основные категории: внешние и внутренние. В системах резервуаров для кормления микробы, поступающие из живых кормовых культур, являются основным внешним источником микробов.
Во время инкубационного процесса науплия прорывается сквозь сложную оболочку цисты, состоящую из двух основных областей: внешняя хорионная, секретируемая оболочкой железы, и внутренняя, образованная клетками бластодермы и включающая в себя эмбриональную кутикулу (Morris 1967, Clegg et. al 1995). Плотный наружный хорионный покров, сквозь который проникает множество радиально ориентированных аэропилей, известен как корковый слой: именно в нем содержатся патогенные бактерии, попадающие в корм малькам в процессе инкубации.
Финальным этапом инкубации является отделение науплии Артемии от твердой оболочки яйца и невылупившихся цист Артемии. Полное отделение практически невозможно. Попадание невылупившихся цист и пустых оболочек в водный резервуар может стать причиной повреждения пищеварительного тракта рыбы, и, как следствие, гибели мальков (Herald and Rackowicz 1951, Morris 1956, Stults 1974).
Таким образом, уникальный своей питательной ценностью и незаменимый на первых стадиях жизни малька живой корм не лишен ряда существенных недостатков, осложняющих его применение в аквакультуре и провоцирующих возникновение финансовых убытков для предприятия.